1) Não é um absurdo que se diga que todos os itens de ouro e prata levados de volta para Jerusalém eram 5400 quando nos dois versos anteriores a soma deles dá 2499? (Esdras 1:9-11)

Evidentemente, o escritor dos versos 9 e 10 era o mesmo do verso 11 e sabia perfeitamente que 2499 era diferente de 5400.  Seria muito simples para ele alterar estes números caso houvesse uma discrepância real. O problema, portanto, não estava no escrito original, mas surgiu depois.  Vejamos duas possibilidades. 

A primeira é que, uma vez que  os utensílios incluídos na relação feita por Mitredate e entregue a Sesbazar era de TODOS os utensílios do templo,   estavam incluídos objetos de ouro, prata e cobre. (Veja Êxodo 27:3, Esdras 1:7,8) Se for assim, os 5400 objetos poderiam incluir os objetos de cobre, enquanto que os de ouro e prata, que foram listados separadamente, eram 2499. Se for assim, a frase "Todos os utensílios de ouro e de prata foram 5400" pode conter um erro de cópia sendo que a frase "de ouro e de prata" não aparecia no original. Se for assim a frase original diria "Todos os utensílios foram 5400."

Outra possibilidade é que um dos números que aparecem no verso 9 tenha sido copiado errado quando da tradução para o latim no quarto século d.C.. Por exemplo, parece estranho termos só 29 panelas de prata.  Além disso, 29 é um número primo, o natural seria, que os utensílios aparecessem em múltiplos de 10.

Então, pode ser que se tenha copiado errado este número da tradução latina e o valor real fosse 2930 panelas de prata. Se for assim, a soma dos utensílios de  ouro e prata seria 5400.

Como não existe nenhum manuscrito em hebraico que valide nem uma opção, nem a outra, não podemos afirmar que uma delas tenha ocorrido. É também por esse motivo que não se trocou os números para solucionar esse irrelevante absurdo.  A regra é não se alterar o texto sem apoio em um manuscrito válido, ainda que existam discrepâncias irrelevantes no texto. 

2) Esdras achava que a biblioteca de Babilônia ficava na Média? Ou talvez pensasse que a Média ficava em Babilônia? (Esdras 6:1,2)

O problema aqui é tirar a afirmação do contexto. O texto mostra que uma carta foi escrita ao rei Dario solicitando uma pesquisa nos arquivos reais ou na casa de registros em Babilônia a respeito da ordem de Ciro que autorizava a reconstrução do templo. (Esdras 5:6-17). 

Esdras 6:1,2 mostra que a pesquisa foi feita e que os registros procurados foram achados em Ecbatana, na província da Média. Em nenhum lugar se diz que a Média ficava em Babilônia, mas apenas que os registros procurados tinham sido encontrados na fortaleza da cidade de Ecbatana.

Ecbatana era a capital da Média e é compreensível que os registros sobre as decisões de Ciro realizadas em Babilônia fossem transferidos para a capital. Portanto, a pesquisa foi, de fato, realizada em Babilônia. No entanto, descobriu-se que os documentos tinham sido levados para Ecbatana e procuraram por ele lá até que encontraram.

Na realidade, eram os judeus que escrevaram a Dario que não sabiam da transferência dos registros e, por isso, solicitaram que a pesquisa fosse feita nos registros de Babilônia.